2015年11月2日，经国务院批准，由南宁高新区托管的南宁保税物流中心正式转型升级为南宁综合保税区，总规划面积为2.37平方公里，分两个区块。通过封闭的架空桥梁相连，主要发展保税加工、保税物流、保税服务等业务。南宁综保区实施封闭管理，验收合格后享受现行综合保税区相关税收和外汇管理政策。2009年12月22日南宁保税物流中心通过国家联合验收组的正式验收实现封关运作。然而，此前单一的保税物流功能已难以满足发展要求，此次成功升级，不仅巩固了南宁综合保税区作为中国西南地区最大的“无水港”的地位，也将助推南宁外向型经济快速发展。

       南宁综保区总规划面积8.09平方公里（含海关监管区和配套区）。2015年9月30日国务院批复设立南宁综保区，获批面积2.37平方公里，2016年10月18日南宁综保区一期（0.897平方公里）通过国家验收，2017年4月13日封关运营，二期（1.473平方公里）正在建设，力争今年完成验收。

功能定位

南宁综保区围网内分为出口加工区、保税物流区、监管作业区，重点发展电子信息、跨境电商、保税物流。

运营发展

2021年南宁综保区实现进出口总额72.5亿美元，同比增长20.4%。在海关总署2021年公布的148家综保区中排名28位。新增注册914家，同比增长236.03%，累计注册企业共1257家。

打造国家级加工贸易产业园，推进南宁综保区加贸产业“百亿园区”建设，构建RCEP跨境产业链，重点引进电子信息企业有格思克（电路板）、益顺盈（显示屏模组）、蓝水星（手机组装），主要进口：台湾、日本、韩国；主要出口：东盟、香港。

推动中国（南宁）跨境电子商务综合试验区核心区建设，通过9610模式加快向菲律宾、印尼、越南、新加坡等东盟国家出口快消品、日用品等，重点企业有菜鸟网络、Shopee虾皮、来赞宝等。

加快推进西部陆海新通道建设重点项目——中新南宁国际物流园建设，打造集产、储、运、展、物贸融合及物流金融为一体，具有东盟特色的立体高效、服务创新的综合型国际性物流产业园区。园区吸引了普洛斯、ESR（易商）、万纬、复星国药、百世汇通、信泰云链等知名物流企业入驻。